馆藏标本目前自然类标本10万余件，其主要以全面反映吉林省资源状况的动、植物和岩石、矿物标本为主要特色，并包含来自世界各地的珍稀标本。馆藏重要标本有1989年吉林省扶余县出土的披毛犀完整骨架化石，1996年吉林省乾安县出土的原始牛完整骨架化石，中华龙鸟化石、东北虎、丹顶鹤、中华秋沙鸭、金斑喙凤蝶等。
自然标本----古生物
反鸟
孔子鸟
狼鳍鱼
披毛犀
蜻蜓幼虫
鹦鹉嘴龙
原始牛
中华古果
自然标本----动物
大天堂凤蝶（雄）
琉璃凤蝶
帝王大黑粪金龟
